In den vergangenen Jahrzehnten hat sich im Nationalpark Stilfserjoch eine rege Forschungstätigkeit entwickelt. Die wissenschaftliche Arbeit setzt ihren Schwerpunkt dabei auf den Artenschutz, die Feldforschung und verfolgt auch pragmatische Ansätze.
Im Rahmen der Forschung konnten verdrängte Vogelarten wie der Bartgeier erfolgreich wiederangesiedelt und die Population der Steinadler dauerhaft beobachtet und ihr Verhalten erforscht werden. Auch Rotwild, Gämsen und Murmeltiere stehen im Fokus der Forschungstätigkeiten. Ein spannender Aufgabenbereich sind auch die 20 hier beheimateten Fledermausarten, die auf relativ engem Raum friedlich zusammenleben.

Die Forschungsergebnisse werden den Nationalparkbesuchern interaktiv und didaktisch vermittelt.