Il Parco Nazionale dello Stelvio ospita una parte della fauna selvatica più rara delle Alpi.
La riserva naturale ospita una delle più dense popolazioni di marmotte e aquile reali di tutta la regione alpina. Attualmente nella riserva ci sono almeno 26 coppie di aquile reali, otto delle quali si riproducono nella parte altoatesina del Parco Nazionale. Dopo aver rischiato l’estinzione nelle Alpi Centrali all’inizio del XX secolo, stambecchi, camosci e cervi popolano ora il parco. Sono molte specie che hanno trovato casa nel Parco Nazionale, tra queste anche oltre 20 specie diverse di pipistrelli.

Nel parco si trovano anche alcune specie animali che avevano abbandonato il loro habitat originario, come l'avvoltoio barbuto, che qui è stato reintrodotto qualche decennio fa. Questo uccello è dunque simbolo del successo delle misure di protezione della fauna selvatica in Europa.

Il gipeto forse non baderà a tutto ciò, ma per la popolazione questo uccello maestoso è emblema del trionfo del loro impegno nella conservazione della natura. Dalla prima covata di successo di 11 giovani gipeti nel 2008, la popolazione è cresciuta fino ad un numero di 27 giovani uccelli.

Paurosi predatori come la lince, l'orso e il lupo, vengono avvistati più raramente.